1、下载并安装自然人税收管理系统，然后登录进入系统主界面，点击人员信息采集，页面跳转，点击添加。输入员工的基本信息，包括姓名、身份证号码、出生年月、手机号码、入职日期等，员工信息输入完之后，点击报送，然后再点击获取反馈。

2、返回的系统主界面，点击综合所得申报，页面跳转，点击工资薪金后面的填写。页面跳转，进入个人所得税填写界面，点击添加或导入，录入员工的收入信息。个人所得税收入填写好之后，点击税款计算，这一步只需要点击这个按钮，无需其他的操作。

3、点击税款计算后，再点击申报表报送，页面跳转，点击发送申报。点击发送申报之后，小微企业个人所得税就申报成功了，可以登录进入电子税务局，查看申报的结果，如果显示已申报，就说明税局已经接收到申报信息了，个税申报工作已经完成了。