核算基础不同、核算方法不同、核算范围不同。

核算基础不同，总产出是以产业活动单位为基本核算单位，总产值是以独立核算单位作为基本核算单位。

核算方法不同，总产出以销售收入为基础，通过调整库存得出本期生产总成果，总产值是直接对生产过程进行核算。

核算范围不同，总产出包括主营和附营业务收入，总产值只包括主营业务收入。工业总产出包括与其口径相同的增值税，工业总产值不包含增值税。